在纽约市的下水道中，四只小乌龟和一只小老鼠在接触到放射性凝胶后会变异成巨大的人形生物。暴躁冲动却充满激情的拉斐尔（乔什·派斯JoshPais饰）、机智的米开朗基罗（米凯兰·西斯蒂MichelanSisti饰）、性格沉稳的多纳泰罗（雷夫·蒂勒顿RafeM.武功高强的忍者神龟肩负纽约市消除暴力与安全的神圣使命，勇敢无比，与世无争。组织发起奇袭，忍者神龟寡不敌众，受了重伤，同时，他们的老师也被神秘组织抓走了。
